دکتر در سال (۱۹۶۳) از رساله خود در دانشگاه دفاع کرد و با درجه دکترای تاریخ فارق‌التحصیل شد. از این به بعد با دانشجویان در چای خانه‌ دیدار می‌کرد و با آنان در مورد مسائل بحث و گفتگو می‌کرد. معمولا جلسات سیاسی هم در این محل‌ها برگزار می‌شد. سال ۴۳ بعد از اتمام تحصیلات و قطع شدن منبع مالی از سوی دولت، دکتر علی‌رغم خواسته درونی و پیشنهادات دوستان از راه زمینی به ایران برگشت. وی با دانستن اوضاع سیاسی – فرهنگی ایران بعد از سال ۴۰ که به کسی چون او – با آن سابقه سیاسی – امکان تدریس در دانشگاه‌ها را نخواهند داد و نیز علی‌رغم اصرار دوستان هم فکرش مبنی بر تمدید اقامت در فرانسه یا آمریکا، برای تداوم جریان مبارزه در خارج از کشور، تصمیم گرفت که به ایران بازگردد. این بازگشت برای او، عمدتاً جهت کسب شناخت عینی از متن و اعماق جامعهء ایران و توده‌های مردم بود، همچنین استخراج و تصفیه منابع فرهنگی، جهت تجدید ساختمان مذهب.

از بازگشت تا دانشگاه :

دکترسال ۴۳ به ایران برگشت و در مرز دستگیر شد. حکم دستگیری از سوی ساواک بود و متعلق به ۲ سال پیش، ولی چون دکتر سال ۴۱ از ایران از طریق مرز‌های هوایی خارج و به فرانسه رفته بود، حکم معلق مانده بود. پس اینک لازم‌الاجرا بود. پس بعد از بازداشت به زندان غزل‌قلعه در تهران منتقل شد. اوائل شهریور همان سال بعد از آزادی به مشهد برگشت. بعد از مدتی با درجه چهار آموزگاری دوباره به اداره فرهنگ بازگشت. تقاضایی هم برای دانشگاه تهران فرستاد. تا مدت ها تدریس کرد، تا بالاخره در سال ۴۴، بار دیگر، از طریق یک آگهی برای استادیاری رشته تاریخ در تهران درخواست داد. در سر راه تدریس او مشکلات و کارشکنی‌های بسیاری بود. ولی در آخر به دلیل نیاز مبرم دانشگاه به استاد تاریخ، استادیاری او مورد قبول واقع شد و او در دانشگاه مشهد شروع به کار کرد. سال‌های ۴۵-۴۸ سال‌های نسبتاً آرامی برای خانواده‌ی او بود. دکتر بود و کلاس‌های درسش و خانواده. تدریس در دانشکده‌ی ادبیات مشهد، نویسندگی و بقیه اوقات بودن با خانواده‌اش تمام کارهای او محسوب می‌شد.

دوران تدریس :

ازسال ۴۵، دکتر به عنوان استادیار رشته تاریخ، در دانشکده مشهد، استخدام می‌شود. موضوعات اساسی تدریسش تاریخ ایران، تاریخ و تمدن اسلامی و تاریخ تمدن‌های غیر اسلامی بود. از همان آغاز، روش تدریسش، برخوردش با مقررات متداول دانشکده و رفتارش با دانشجویان، او را از دیگران متمایز می‌کرد. بر خلاف رسم عموم اساتید از گفتن جزوه ثابت و از پیش تنظیم شده پرهیز می‌کرد. دکتر، مطالب درسی خود را که قبلاً در ذهنش آماده کرده بود، بیان می‌کرد و شاگردانش سخنان او را ضبط می‌کردند. این نوارها به وسیله دانشجویان پیاده می‌شد و پس از تصحیح، به عنوان جزوه پخش می‌شد. از جمله، کتاب اسلام‌شناسی‌ مشهد و کتاب تاریخ‌تمدن از همین جزوات هستند.

اغلب کلاس های او با بحث و گفتگو شروع می‌شد. پیش می‌آمد دانشجویان بعد از شنیدن پاسخ‌های او بی‌اختیار دست می‌زدند. با دانشجویان بسیار مانوس، صمیمی و دوست بود. اگر وقتی پیدا می‌کرد با آنها در تریا چای می‌خورد و بحث می‌کرد. این بحث‌ها بیشتر بین دکتر و مخالفین‌ اندیشه‌های او در می‌گرفت. کلاس‌های او مملو از جمعیت بود. دانشجویان دیگر رشته‌ها درس خود را تعطیل می‌کردند و به کلاس او می‌آمدند. جمعیت کلاس آن قدر زیاد بود که صندلی‌ها کافی نبود و دانشجویان روی زمین و طاقچه‌های کلاس، می‌نشستند. در گردش‌های علمی و تفریحی دانشجویان شرکت می‌کرد. او با شوخی‌هایشان، مشکلات روحیشان و عشق‌های پنهان میان دانشجویان آشنا بود. سال ۴۷، کتاب «کویر» را چاپ کرد. حساسیت، دقت و عشقی که برای چاپ این کتاب به خرج داد، برای او، که در امور دیگر بی‌توجه و بی‌نظم بود، نشانگر اهمیت این کتاب برای او بود. (کویر نوشته‌های تنهایی اوست).

در فاصله سال های تدریسش، سخنرانی‌هایی در دانشگاهای دیگر ایراد می‌کرد، از قبیل دانشگاه آریا‌مهر (صنعتی‌شریف)، دانش سرای عالی سپاه، پلی‌تکنیک‌تهران و دانشکده نفت آبادان. مجموعه این فعالیت‌ها سبب شد که مسئولین دانشگاه درصدد برآیند تا ارتباط او را با دانشجویان قطع کنند و به کلاس‌های وی که در واقع به جلسات سیاسی-فرهنگی، بیشتر شباهت داشت، خاتمه دهند. پس دکتر، با موافقت مسئولین دانشگاه، به بخش تحقیقات وزارت علوم در تهران، منتقل شد. به دلائل اداری دکتر به عنوان مامور به تهران اعزام شد و موضوعی برای تحقیق به او داده شد، تا روی آن کار کند. به هر حال عمر کوتاه تدریس دانشگاهی دکتر، به این شکل به پایان می‌رسد.

حسینیه ارشاد :

این دوره از زندگی دکتر، بدون هیچ گفتگویی پربارترین و درعین حال پر دغدغه‌ترین دوران حیات اوست. او در این دوران، با سخنرانی‌ها و تدریس در دانشگاه، تحولی عظیم در جامعه به وجود آورد. این دوره از زندگی دکتر به دوران حسینیه ارشاد معروف است. حسینیه ارشاد در سال ۴۶، توسط عده‌‌ای از شخصیت‌های ملی و مذهبی، بنیان گذاشته شده بود. هدف ارشاد طبق اساسنامه‌ی آن عبارت بود از تحقیق، تبلیغ و تعلیم مبانی اسلام.

از بدو تاسیس حسینیه ارشاد در تهران، از شخصیت‌هایی چون آیت‌لله مطهری دعوت می‌شد تا با آنان همکاری کنند. بعد از مدتی از طریق استاد شریعتی (پدر دکتر) که با ارشاد همکاری داشت، از دکتر دعوت شد تا با آنان همکاری داشته باشد. در سال‌های اول همکاری دکتر با ارشاد، به علت اشتغال در دانشکده ادبیات مشهد، ایراد سخنرانی‌های او مشروط به اجازه دانشکده بود، برای همین بیشتر سخنرانی‌ها در شب‌جمعه انجام می‌شد، تا دکتر بتواند روز شنبه سر کلاس درس حاضر باشد. پس از چندی همفکر نبودن دکتر و بعضی از مبلغین، باعث بروز اختلافات جدی میان مبلغین و مسئولین ارشاد شد. در اوائل سال ۴۸، این اختلافات علنی شد و از هیئت امنا خواسته شد که دکتر دیگر در ارشاد سخنرانی نکند. اما بعد از تشکیل جلسات و و نشست‌هایی، دکتر باز هم در حسینیه سخنرانی کرد. هدف دکتر از همکاری با ارشاد، تلاش برای پیش برد اهداف اسلامی بود. سخنرانی‌های او، خود گواهی آشکار بر این نکته است. در سخنرانی‌ها، مدیریت سیاسی کشور به شیوه‌ای سمبلیک مورد تردید قرار می‌گرفت. در اواخر سال ۴۸، حسینیه ارشاد، کاروان حجی به مکه اعزام می‌کند تا در پوشش اعزام این کاروان به مکه، با دانشجویان مبارز مقیم در اروپا، ارتباط برقرار کنند.

دکتر با وجود ممنوع‌الخروج بودن، با تلاش‌های بسیار، با کاروان همراه می شود. تا سال ۵۰دکتر همراه با کاروان حسینیه، سه سفر به مکه رفت که نتیجه آن مجموعه سخنرانی‌های میعاد با ابراهیم و مجموعه سخنرانی‌ها تحت عنوان حج در مکه بود، که بعدها به عنوان کتابی مستقل منتشر شد. پس از بازگشت از آخرین سفر در راه برگشت به مصر رفت، که این سفر ره‌آورد زیادی داشت، از جمله کتاب آری این چنین بود برادر.

در سال‌های ۴۹-۵۰، دکتر بسیار پر کار بود. او می‌کوشید، ارشاد را از یک موسسه مذهبی به یک دانشگاه تبدیل کند. از سال ۵۰، شب و روزش را وقف این کار می‌کند، در حالی که در این ایام در وزارت علوم هم مشغول بود. به مرور زمان، حضور دکتر در ارشاد، باعث رفتن برخی از اعضا شد، که باعث به وجود آمدن جوی یک‌دست‌تر و هم‌فکر‌تر شد. با رفتن این افراد، پیشنهاد‌های جدید دکتر، قابل اجرا شد. دانشجویان دختر و پسر، مذهبی و غیر مذهبی و از هر تیپی در کلاس‌های دکتر شرکت می‌کردند. در ارشاد، کمیته‌یی مسئول ساماندهی جلسات و سخنرانی‌ها شد. به دکتر امکان داده شد که به کمیته‌های نقاشی و تحقیقات نیز بپردازد. انتقادات پیرامون مقالات دکتر و استفاده از متون اهل تسنن در تدوین تاریخ ‌اسلام و همچنین حضور زنان در جلسات، گذاشتن جلسات درسی برای دانشجویان دختر و مبلمان سالن و از این قبیل مسائل بود. این انتقادات از سویی و تهدیدهای ساواک از سوی دیگر هر روز او را بی‌حوصله تر می‌کرد و رنجش می‌داد. دیگر حوصله معاشرت با کسی را نداشت. در این زمان به غیر از درگیری‌های فکری، درگیری‌های شغلی هم داشت. عملاً حکم تدریس او در دانشکده لغو شده بود و او کارمند وزارت علوم محسوب می‌شد. وزارت علوم هم، یک کار مشخص تحقیقاتی به او داده بود تا در خانه انجام دهد. از اواخر سال۵۰ تا۵۱، کار ارشاد سرعت غریبی پیدا کرده بود. دکتر در این دوران به فعال شدن بخش‌های هنری حساسیت خاصی نشان می‌داد. دانشجویان هنر دوست را تشویق می‌کرد تا نمایشنامه ابوذر را که در دانشکده مشهد اجرا شده بود، بار دیگر اجرا کنند. بالاخره نمایش ابوذر در سال ۵۱، درست یکی دوماه قبل از تعطیلی حسینیه، در زیر زمین ارشاد برگزار شد. این نمایش باعث ترس ساواک شد، تا حدی که در زمان اجرای نمایش بعد به نام «سربداران» در ارشاد، حسینیه برای همیشه بسته و تعطیل شد، درست در تاریخ19/8/51